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亞磷酸主要的作用不是殺菌，是能刺激植物啟動自我防禦系統，產生抗生物質對抗入侵病原菌，稱為後天獲得之抗病性或誘導之系統性抗病。它的機制如同人施打預防針一般，當特定病原菌入侵時，植物可辨識立即啟動防禦系統，產生植物防禦素，與病原菌打仗，且不會對環境造成污染，使用得當幾乎可完全預防某些作物疫病露；疫病菌；腐霉菌和露菌病。如番茄，甜椒和百合等疫病，每3個月灌注酪梨土壤一次，防治根腐病，對於荔枝果實露疫病（Phytophthora litchii）噴佈於葉面及果實，雨季來之前，每隔7天施用一次，連續3次，可達90％以上防治率。

配製方法：

1.亞磷酸（H₃PO₃）為強酸，需以氫氧化鉀（KOH）以1：1等重量中和後使用。市售之95～98％的工業級亞磷酸與氫氧化鉀均可使用。調好之亞磷酸溶液約在酸鹼值pH6.1左右。2.亞磷酸為強酸、氫氧化鉀為強鹼，配製時需分別溶於水中，再混合使用。或者先溶解亞磷酸後，再溶解氫氧化鉀。切不可將兩者同時加入水中，或將兩者混合再加水稀釋。3.亞磷酸溶於水後，易氧化成磷酸，降低防病效果，故配製好之亞磷酸溶液，限當日使用。4.亞磷酸因易潮解，必須密封（可事先分裝後密閉）。5.勿用手直接碰觸亞磷酸與氫氧化鉀。

使用方法：1.噴佈法：葉面與果實以500～1,000倍稀釋液噴佈。2.土壤灌注法：根圈與根頭灌注100～200倍稀釋液。七日後連續使用２～３次效果最佳。

亞磷酸施用後被葉片、根部吸收，運送至植株體內，等疫病菌入侵時，刺激植株產生植物防禦素。實驗顯示，亞磷酸在植株體內下移性良好，但上移性不佳，且對儲藏期之疫病無防治效果，故以防治葉片或果實病害較佳。另亞磷酸在根部可被土壤微生物代謝成磷酸，成為植物主要肥料之一，但實驗顯示亞磷酸並不能直接取代磷酸直接成為肥料，但可與磷酸一起施用，植物可生長更佳。此外，防病用的亞磷酸用量少，對環境不會造成污染。